La gran riqueza de minerales y de hidrocarburos del Amazonas, es a su vez uno de sus grandes amenazas. El 15 % del bioma amazónico tiene concesiones mineras y contratos para la extracción de petróleo y gas, y las áreas protegidas no son la excepción: más de 800 concesiones mineras se han otorgado en estas zonas y alrededor de 6. 800 solicitudes están pendientes para su aprobación. De acuerdo con el informe, después de analizar 439 áreas protegidas, se encontró que más de la mitad se solapa parcial o totalmente con concesiones mineras, y los contratos en estas zonas podrían afectar 24 millones de hectáreas.

Sumado a esto, más del 37 % de los territorios indígenas están en riesgo por cerca de 500 contratos mineros para la explotación minerales e hidrocarburos. La gran mayoría se encuentra en Brasil, pero existe la posibilidad de que se expandan a otros países. Esto sin contar con que la minería del oro en la Amazonia aumenta la deforestación, y el uso del mercurio utilizado en su procesamiento contamina el agua, los peces, el aire y afecta las comunidades.

En la Amazonia hay 154 represas para la producción de energía hidroeléctrica y se planea la construcción de otras 277 en los próximos años. Si todos esos proyectos salen adelante, solo quedarían sin represar los ríos Juruá, el Trombetas y el Içá-Putumayo, generando grandes impactos en la ecología, la economía y el clima del subcontinente.

El aumento de las represas en la Amazonia amenaza el flujo natural de sus ríos, altera los ciclos naturales y pone en grave riesgo especies como los delfines y peces migratorios. El suministro de agua para las comunidades locales y el transporte de alimentos, también se ven afectados por cuenta de la producción de energía en la selva amazónica.

Sumado a esto, los sitios seleccionados para las represas y los embalses a menudo se superponen con áreas protegidas y territorios indígenas, lo que genera enormes transformaciones para los ecosistemas y las comunidades. Se ha demostrado además que la deforestación en varias zonas, está impulsada por la construcción de las represas. El área que está en riesgo de sufrir el impacto de la deforestación se encuentra a una distancia de entre 40 y 100 kilómetros de las hidroeléctricas.

Las carreteras, las vías férreas y las nuevas rutas de transporte fluvial están transformando la Amazonia. Actualmente decenas de miles de kilómetros de carreteras atraviesan sus bosques; y la construcción de nuevas rutas seguirá aumentando, en particular de este a oeste, en las vías vinculadas a los mercados de exportación en el Oriente asiático. La Carretera Interoceánica que une a Perú y Brasil, por ejemplo, atraviesa las zonas relativamente bien conservadas de Madre de Dios en Perú y Acre en Brasil.

En este momento más de 20 proyectos de construcción de carreteras gigantes ejercen presión sobre la Amazonia, lo que puede generar un rápido aumento de la pérdida de bosques.

La actividad que ha generado mayores pérdidas de hábitat natural en la Amazonia en las últimas décadas es la agricultura. Las exportaciones de soja y carne a países como China han desatado graves transformaciones en el uso del suelo de sus bosques. Pese a ser relativamente nuevos, los cultivos de palma de aceite también han afectado la Amazonia, y se prevé que su crecimiento se de más rápido en la región que cualquier otro producto.

Los pastos y la ganadería, para la producción de carne y leche, son la causa principal de la deforestación en muchas áreas y en algunos países, como Brasil, donde se registra la mayor cantidad de ganado comercial del mundo.

Si no se adelantan políticas y estrategias para reducir la deforestación en el bioma amazónico, para el 2030 la Amazonia puede perder el 27%, (alrededor de 85,4 millones de hectáreas de bosques). Desde el año 2000 hasta 2013 la Amazonia perdió el 4,7 % de sus bosques, pasando de tener 575 millones de hectáreas a 548 millones de hectáreas. La expansión de pastos y cultivos, cuya extensión aumentó en 22,9 millones de hectáreas en el mismo período, es la principal causa de la deforestación en la región. Brasil tiene los índices más altos de pérdida de bosque y recientemente se han identificado seis nuevos frentes de deforestación en la Amazonia Andina y el Escudo Guayanés.

Los constantes cambios en la legislación de los países amazónicos, generados con el fin de permitir nuevas y mayores actividades productivas en áreas protegidas, son una de las principales amenazas que advierte el informe de WWF. La reducción del área de estos espacios, o en el peor de los casos, la eliminación de su estado de protección, son un enemigo silencioso que cada vez genera mayores impactos en la Amazonia. Actualmente la cobertura de las áreas protegidas del bioma amazónico es superior al 50 %. Sin embargo, muchas de estas áreas están en riesgo debido a la debilidad legislativa para su conservación.